De Serviërs waren fel tegen onafhankelijkheid en wensten het behoud van een krachtige Joegoslavische eenheidsstaat als garantie voor het behoud van hun politieke macht en culturele identiteit. Ze vreesden bovendien voor de rechten van hun volksgenoten in de andere deelrepublieken. De Servische president Slobodan Milosevic zag het Servische nationalisme als een kans om zijn persoonlijke ambities na te leven. Hij stookte het nationalistische vuurtje op door een Groot-Servië te bepleiten en zich als de beschermer van alle Serviërs in Joegoslavië op te werpen.
Een botsing met Slovenië en Kroatië, die juist naar onafhankelijkheid streefden, was onvermijdelijk. Zij hadden eerder gezien hoe het door Servië gedomineerde Joegoslavische federale leger (JNA) eind jaren tachtig koelbloedig afrekende met het Albanese verzet in Kosovo en zagen dit als een verontrustend voorteken. Op 25 juni 1991 riepen Slovenië en Kroatië dan ook hun onafhankelijkheid uit. Het JNA greep vrijwel onmiddellijk in. Om Slovenië werd weinig gestreden, vooral omdat er door de tamelijk homogene bevolkingssamenstelling nauwelijks problemen met grote minderheidsgroepen waren. De kortstondige oorlog eindigde hier na bemiddeling van de Europese Gemeenschap op 7 juli met het akkoord van Brioni in een staakt-het- vuren.
De situatie in Kroatië was vanwege de aanwezigheid van een Servische minderheid, de Kroatische Serviërs, veel complexer. Zij zagen in de verkiezingsoverwinning van de Kroatische nationalist Franjo Tudjman in mei 1990 een anti-Servisch complot. De regio Knin (Krajina), waar veel Serviërs woonden, verklaarde zich in september 1990 onafhankelijk. Een poging van de inmiddels tot president benoemde Tudjman om het rebelse Servische staatje van de kaart te vegen, werd verhinderd door het JNA, in die regio onder bevel van de Servische legergeneraal Ratko Mladic. Het onervaren Kroatische leger verloor grote gebieden (Krajina, Oost- en West-Slavonië) aan de Serviërs. Op 2 januari 1992 ging een wapenstilstand van kracht. Twee weken later, op 15 januari 1992, erkende de EG Slovenië en Kroatië als onafhankelijke staten.
De Servische machthebbers zetten ondertussen ook de Serviërs in de deelrepubliek Bosnië tegen de andere bevolkingsgroepen op, en met succes. Op 5 januari 1992 riepen de Bosnische Serviërs een eigen republiek uit. Deze bestond uit zes verspreid van elkaar gelegen gebieden met een Bosnisch-Servische meerderheid. De Bosnische Serviërs wensten deze gebieden met elkaar te verbinden om vervolgens aansluiting bij Servië te zoeken. De meest efficiënte manier om dit te bereiken was in hun ogen een moorddadige campagne van etnische zuiveringen . De (Bosnische) Kroaten en (Bosnische) Moslims (de andere twee grote bevolkingsgroepen van Bosnië) riepen vervolgens op 3 maart 1992 de onafhankelijke staat Bosnië uit.
De (burger)oorlog in Bosnië begon op 2 april 1992 met een aanval van Servische milities op de Moslimbevolking van de Noord-Bosnische stad Bijeljina. Enkele dagen later schoten Servische scherpschutters in de Bosnische hoofdstad Sarajevo op de deelnemers aan een vredesdemonstratie. Ook de artillerie van het JNA begon op diezelfde avond haar beschietingen op Sarajevo. Een dag later, op 6 april 1992, werd de onafhankelijkheid van de Republiek Bosnië(-Herzegovina) formeel erkend door de Europese Gemeenschap en de VS. Het door Serviërs gedomineerde federale parlement in Belgrado (de hoofdstad van Servië) riep vervolgens op 27 april 1992 de nieuwe Federale Republiek Joegoslavië (FRJ: Servië en Montenegro) uit.
De Bosnische Serviërs vormden trouwens niet de enige bedreiging voor de vrede in Bosnië. De Bosnische Kroaten zochten namelijk vanaf januari 1993 aansluiting bij Kroatië, stapten uit de Bosnische regering en vielen eenheden van de Moslimstrijdkrachten aan. Pas op 23 februari 1994 waren ze, vooral door hun grote verliezen, bereid tot een staakt-het-vuren met de Bosnische Moslims. Onder druk van de VS richtten de Moslims en de Bosnische Kroaten op 10 mei 1994 de Moslim-Kroatische Federatie (MKF) op.